АНБУ
Команда особого назначения АНБУ («темная сторона»). АНБУ действуют непосредственно от имени и по приказу Каге. Этот специализированный батальон состоит из четырех, пяти ниндзя ранга чунин или джонин. Их деятельность состоит в убийствах и миссиях требующих для выполнения высококвалифицированных ниндзя. Члены АНБУ носят фарфоровые маски, в форме животных, сотсовляющих знаки зодиака. Также они имеют стандартную униформу, состоящую из черной и серой брони, защитных пластинок для рук и татуировки в виде спирали на левом плече. Также члены АНБУ могут носить черные плащи с капюшонами, в то время как лидер команды может носить плащ белого цвета

Экзаменаторы экзамена на чунин
Каждые шесть месяцев поочередно в одной из пяти Великих Стран Синоби проводятся экзамены на чунин. Экзаменаторы руководят этим процессом и имеют ранг чунина или специального джонина. Эта работа временная и по окончании экзамена, экзаменаторы возвращаются к своим повседневным делам...

Элитный наставник
Это ниндзя, специальный джонин, главная способность которого составляет талант к обучению начинающих ниндзя. Он работает по поручению совета деревни и Каге чтобы быстро натаскать требуемых, но не опытных ниндзя, к примеру, как частный репетитор.

Учитель Академии Ниндзя
Эти ниндзя играют роль преподавателей в Академии Ниндзя. Как правило, они имеют ранг чунина. Их основная цель заключается в том, чтобы студенты академии научились исполнять техники Е уровня и заложить основы ниндзя. В любом случае преподаватели в академии остаются активными ниндзя и параллельно с этой работой могут выполнять миссии.

Совет Скрытой Деревни
Административная группа деревни, ответственная за выбор и одобрение новых чунинов, джонинов, специальных джонинов, каге, а также другие вопросы, касающиеся деятельности деревни.

Медик
Эти специализированные ниндзя обучены, для того чтобы оказывать медицинскую помощь раненным или больным ниндзя. Они работают как в полевых условиях, так и в госпитале. Эти ниндзя специально обучены медицине, строению тела, а также некоторым техникам лечения. Специально обученные ниндзя, такие как Инузука Хана, также могут лечить раненных в бою животных – выступать в роли ветеринара.

Охотник
Охотники или чистильщики  - это группа ниндзя, которая преследуют ниндзя отступников. Они прекрасно знают строение тела человека и могут убить его одной иглой. Как только они настигают ниндзя отступника, они убивают его и полностью избавляются от тела. Такая жестокая процедура проводиться, для того чтобы другие шиноби не узнали секреты ниндзюцу, улучшенного генома и строение чакры родной деревни. После этого они забирают голову шиноби и приносят ее в родную деревню как доказательство его смерти.

Нукэнин (отступник)
Буквально «ниндзя беглец» -  это ниндзя любого ранга, которые покидают свою скрытую деревню. Эти ниндзя расцениваются как предатели и преследуются их родной деревней, во избежание раскрытия ее тайн. Другие Скрытые Деревни интересуются данной информацией и готовы заплатить за нее деньги, потому что это может помочь в сражениях с деревней предателя, следовательно, сбыть такую информацию довольно просто. За ними высылают группу охотников, но во многих ситуациях отрядов не хватает, чтобы преследовать всех нукэнинов, а в некоторых ситуациях их просто невозможно отыскать и группы возвращаются ни с чем. Таковыми являются Акатсуки!